جنس دیواره سلول‌های گیاهی در بافت‌های مختلف متفاوت است و لذا، سلول‌های مختلف رنگ‌های متفاوتی جذب می‌کنند. بنابراین، برای تشخیص بافت‌های مختلف از یکدیگر آن‌ها را رنگ‌آمیزی می‌کنیم.
جنس دیواره سلول‌های مختلف:
اپیدرم: دارای سلولز، به‌سمت بیرون، کوتینی؛ دیواره نازک
کلانشیم: دارای سلولز، دیواره ضخیم
لوله غربالی (آوند آبکشی): سلولزی
پارانشیم: سلولزی، دیواره نازک
فیبر، اسکلرئید، عناصر آوندی و تراکئیدها: دارای دیواره لیگنینی، دیواره ضخیم
آندودرم و اگزودرم: دارای دیواره چوب‌پنبه‌ای یا سوبرینی
روش‌های رنگ‌آمیزی برش‌های گیاهی
۱.رنگ‌آمیزی ساده
بافت‌های گیاهی را با یک نوع معرف رنگی، رنگ‌آمیزی می‌کنیم.
الف. بدون اینکه محتویات سلول را حل کنیم، یک قطره از معرف‌های رنگی را روی نمونه می‌ریزیم و بعد از یک دقیقه یا بیشتر، آن را در آب مقطر شست‌وشو می‌دهیم و زیر میکروسکوپ مشاهده می‌کنیم.
ب. ابتدا طبق روش زیر محتویات سلول را حل و سپس معرف رنگی را اضافه می‌کنیم و بعد شست‌وشو می‌دهیم و مشاهده می‌کنیم.
مراحل حل کردن محتویات سلول
۱. قرار دادن نمونه در آب ژاول به مدت ۱۵ الی ۲۰ دقیقه (آب ژاول محتویات سلول را حل می‌کند)،
۲. شست‌وشو با آب مقطر،
۳. قرار دادن نمونه‌ها در استیک اسید یک درصد به مدت یک دقیقه (برای از بین بردن اثرهای آب ژاول)،
۴. شست‌وشو با آب مقطر.
2. رنگ‌آمیزی مضاعف
در این روش از دو معرف رنگی استفاده می‌کنیم که یکی از آن‌ها بافت‌های دارای دیواره سلولزی و دیگری بافت‌های دارای دیواره چوبی یا لیگنینی را رنگ می‌کند.
مراحل رنگ‌آمیزی مضاعف
۱.قرار دادن نمونه در آب ژاول به مدت 15 الی 20 دقیقه (آب ژاول محتویات سلول را حل می‌کند)،
۲. قرار دادن نمونه‌ها در استیک اسید یک درصد به مدت 1 دقیقه ( تا اثر آب ژاول را از بین ببرد)،
۳. شست‌وشو با آب مقطر،
۴. قرار دادن نمونه‌ها در یکی از معرف‌های رنگی، مثل سبز متیل یا آبی متیل(بلودومتیلن) رقیق‌شده به مدت ۲۰ تا ۳۰ ثانیه،
۵.شست‌وشو با آب مقطر،
۶. قرار دادن نمونه‌ها در کارمن زاجی به مدت 15الی 20 دقیقه،
۷. شست‌وشو با آب مقطر و قرار دادن نمونه‌ها روی لام و مشاهده با میکروسکوپ
